Buen día
Excelente pregunta:
Lamentablemente en el portal web del Registro Mercantil no esta publicado un instructivo que aclare al usuario, en que casos debe seleccionar Empresa y cuando Comerciante.
Para propósitos de la obligación formal de contabilidad completa (libros contables obligatorios).
Se sugiere ver los datos de la patente de comercio:
Es una práctica común, que las personas individuales inscriban un ( o más) establecimientos o empresas (incluso se ha observado hasta con algunos profesionales liberales y ellos no son comerciantes, pero por algún requisito les piden patente de comercio en la realización de gestiones o trámites ante las entidades de la administración pública o entidades del sistema financiero)
Si ese fuere el caso, (patente de comercio de empresa, clase de establecimiento: individual / representante: propietario), seleccione EMPRESA para los libros contables obligatorios (por el sólo hecho de tener patente de comercio ya esta obligado a llevar contabilidad completa), excepto aquellos comerciantes con un activo menor a Q25,000.00 pero éstos deben llevar los libros auxiliares que les obliguen las leyes específicas (ejemplo: Compras y Ventas conforme la afiliación al IVA)
Sin embargo, debe tomar en cuenta la observación del usuario @Alberto , dado que también esta disponible la autorización de otros libros (auxiliares) en el Registro Mercantil pueden ser específicos para ciertos propósitos para los comerciantes además de los libros para las empresas.
Quizá la siguiente ilustración sea de ayuda:
