Buen día @JRAMIREZ
Yo he entendido que depende del tipo de libro que se desea habilitar:
° Para diario y mayor, se elige sociedad o comerciante (dependiendo si es persona individual o jurídica).
° Para compras y ventas, se elige empresa, porque se habilitan libros por cada establecimiento
Puede ser que alguien tenga otro criterio.