Veo que la forma de subida fue por XML, lo que yo le recomendaría revisar es el tema de las facturas pequeño contribuyente, o las que tiene INGUAT u otro impuesto, ya que el sistema las toma tal cual vienen desglosadas en el XML para el libro de compras y ahí viajan correctamente, pero en el detalle contable (el que coloca abajo con cuentas contables y que viaja al Mayor) uno debe hacerle modificaciones a las partidas y montos para que el IVA sea calculado acorde al XML.
Le dejo un post que yo puse de la situación que le explico arriba, puede que eso es lo que le esté sucediendo: