Retención de ISR y productos exentos de IVA

Estimados
Con los cambios realizados por SAT ahora hay procesos más sistematizados. Ejemplo: RetenWeb que se utiliza para retenciones de IVA e ISR en el caso de Agentes Retenedores.

Expongo este caso:
Se reciben facturas de productos exentos (El proveedor es un Agente Retenedor de IVA al igual que el Cliente-Receptor) por lo que en RetenWeb no aparecen las FEL para el caso de Retenciones de IVA

Sin embargo en el nuevo sistema aparecen las facturas para generar Retenciones de ISR y la renta imponible la calcula automaticamente sin IVA. Anteriormente en Reten Isr Web las facturas se subían mediante archivo csv y la base imponible se subía 100% el valor de la factura, pero con este nuevo sistema la base imponible no se puede editar.

Entonces, el producto es exento para el Cliente-Receptor pero es gravado para el proveedor. En este concepto quiero agregar que:

  1. El Proveedor genera IVA por Pagar
  2. El Cliente no aprovecha el crédito fiscal ya que es un producto exento

Que conflicto tributario puede existir?

Porque el cliente a su vez vende estos productos y paga su ISR sobre los Ingresos Totales, sin quitar el IVA.

Si existe la posibilidad de que un producto sea exento y gravado (dependiendo de empresa) y no del producto en sí?