¿Qué procedimiento contable y fiscal es aplicable a una factura que si está afecta a ISR , y la restante facturación goza de exención de ISR?

Estimados muy buen día… Trabajo para una empresa que goza de incentivos fiscales por llevar a cabo un proyecto hidroeléctrico, esto de acuerdo con la Ley de incentivos para el desarrollo de proyectos de Energía Renovable, por la tanto está exento de ISO e ISR, sin embargo se dio el caso de facturar un servicio que no goza de esta exoneración, y también nos emitieron constancia de retención ISR. Mi duda es respecto a ¿cuál es el procedimiento contable y fiscal que debo realizar para este tipo de movimiento?.. ya que anteriormente he hecho las declaraciones del ISR OPCIONAL y he consignado la resolución del incentivo, pero no tengo muy claro el concepto del procedimiento que debo de hacer por esa factura que no goza de dicho incentivo. Si pudieran apoyarme con sus comentarios y de esta forma tener una referencia se los agradeceré de mucho…

Buen día

Interesante pregunta

Respecto a:

Se refiere a la operación en Diamante Contador?


Con relación a:

Respecto a la factura afecta a ISR, corresponde a ingresos de actividades lucrativas o de otra categoría de renta?

Salvo el tratamiento de otras categorías de renta, normalmente en el formulario de ISR, en la casilla Rentas de actividades lucrativas incluye todos los ingresos (ingresos afectos, no afectos, exentos, etc.)