@LUIS3 le adjunto la respuesta a solución a su problema, recomiendo leer detenidamente el artículo y con Ley en mano (Ley del IVA e ISR) para comprender correctamente la explicación.
Solamente le recuerdo que aunque sea pérdida por deterioro de mercadería, está debe facturarse al costo, el procedimiento es similar excepto por la facturación.
