ISR sobre ingresos

Buenas tardes, soy nuevo por acá y me gustaría me apoyarán con el tema de ISR mensual.

Cual es la forma correcta desde el momento que se genera la factura, el pago de impuestos mensual y la declaración anual, del ISR en el régimen sobre ingresos.

@Rosa_Pacay considero que su pregunta está confusa, sugiero ver que indica el RTU y con base a ello plantear la duda correspondiente.

Así como planteo la pregunta está mezclando 2 régimenes.