Buen día
Para dar una respuesta, es necesario más elementos de análisis, por ejemplo la información de la DUCA y los documentos de soporte de la DUCA
En condiciones normales el documento de embarque (B/L, AWB, Carta de porte) forma parte del valor en aduana (valor CIF y cuando corresponda el DAI para efectos del cálculo del IVA), es probable que el B/L o documento de embarque es cobrar a en destino (Guatemala) y la entidad que representa a la Naviera en Guatemala emita la factura para cobrar el flete prestado por el porteador o naviera.
Sugiero revisar los valores declarados en la DUCA, en el segmento de Documentos de Soporte de la DUCA, y comprobar que el valor reportado en el documento de embarque coincida con el valor de la factura por servicio de flete (considerar el tipo de cambio US$ y el IVA)
Según lo indica, ese valor ya fue verificado:
La ventaja, es un factura local (pagos trimestrales) no tiene que practicar retenciones de ISR.
En el siguiente ejemplo, en la columna de la casilla 54.1 el código 740 es el documento de embarque (AWB o guía aérea) y el valor del flete (US$) en la columna de la casilla 54.8
En el siguiente enlace se abarcan algunas consideraciones en el registro de importaciones