Buen dia, me encontre con este error en la nueva version de DC2, al generar libro de compras consolidado y por establecimiento, como se ve en la imagen siguiente por establecimiento no clasifica correctamente las facturas de pequeño contribuyente y les calcula IVA.
En Clientes y Proveedores, marque que son pequeños contribuyente, para que no le calcule el iva
Efectivamente la configuración es la correcta, el error esta en el reporte, espero que se tomado en cuenta para la próxima versión esta corrección.