Buen día
NO hay una respuesta corta
La clave esta en el segundo párrafo de la literal a) del Artículo 23 de la Ley de Actualización Tributaria:

Para este tipo operaciones (en especial para entidades no lucrativas), generalmente utilizan un software especializado (sistema contable integrado) el cual les permite crear los centros de costo (sucursales, proyectos, actividades) y su respectivo presupuesto (ingresos y egresos por actividades o centros de costos), a efecto de obtener reportes específicos, como ejecución del presupuesto (ingresos y egresos reales versus lo presupuestado), permitiendo identificar y separar las operaciones de actividades exentas de las actividades gravadas.
En Diamante Contador, deberá configurar según corresponda, su nomenclatura contable, sucursales (centros de costo o actividades) y sus tipos de documentos para ingresos y egresos, ejemplo, en el caso de las facturas de ventas (ingresos) se configura el tipo de documento (ya sea al crédito o al contado) para asignarle cuentas contables de ingresos y la sucursal que corresponda de la (s) actividad (es) gravada (s) y a la(s) sucursal(es) de la (s) actividad (es) exenta (s):
Lo mismo deberá hacer con las facturas de compras y/o egresos, así como los tipos de documentos de bancos (cheques y depósitos) cuando hay una obligación contractual con la entidad donante en el caso de una Entidad No Lucrativa (ONG)
Esto permitirá emitir reportes, tanto para el IVA Compras e IVA Ventas por Sucursal (actividad o centro de costo) y los Estados de Resultados por sucursal, hasta aquí no hay problema, pero …
El inconveniente en Diamante Contador, las Cuentas Contables de ingresos o egresos no pueden asignarse (un mismo número de cuenta contable) simultáneamente a varias sucursales.
En los sistemas integrados de contabilidad, transfieren automáticamente los movimientos de ingresos y egresos contables para cada centro de costo (sucursal), es decir que vincula la cuenta contable a un centro de costo (sucursal).
Por ejemplo: La cuenta de gasto de papelería y útiles (ventas o administración), el número de cuenta es la misma para cualquier centro de costo (sucursal)
En Diamante Contador deberá crear una cuenta contable de ingreso o gasto para cada centro de costo, ejemplo para dos sucursales:
Ingresos:


Egresos:


Y en ese orden de ideas, vincular cada tipo de documento para cada sucursal y cuenta contable, es decir que son dos Facturas al crédito (ingresos: sucursal 1 y 2), dos Facturas al contado (o recibo de ingresos: sucursal 1 y 2) dos facturas de compras al crédito (sucursal 1 y 2), dos facturas de compras al contado (sucursal 1 y 2), etc.
Manejar dos o tres sucursales no es problema, pero si se trata muchas sucursales (centros de costo o actividades) mi recomendación es que migre a Diamante Gerencial.
Una vez superado el tema de Cuentas Contables, Sucursales y Tipos de documentos (bancos) vinculados, tal como lo obliga la literal a) del Artículo 23 de la Ley de Actualización Tributaria
Para retomar el tema de las operaciones exentas y de las operaciones gravas (ingresos con sus respectivos costos o gastos), se intentará ilustrar un ejemplo de un Centro Educativo para efectos de IVA e ISR
Partiendo de los siguientes supuestos:
Ingresos de operaciones Exentas Q2,000.00
Ingresos de operaciones gravadas Q3,300.00 (Q3,300.00/1.12 = Q2,946.43, integrado de la siguiente manera: Q1,339.29 por venta de bienes y Q1,607.14 prestación de servicios)
Total de Ingresos Q5,300.00
Egresos (sin IVA)
Compras y gastos relacionados con Ingresos Exentos Q660.00
Compras y gastos relacionados por Ingresos gravados Q1,000.00 (Q500.00 para bienes y Q500.00 para servicios adquiridos)
Para efecto del ISR, el esquema general es el siguiente:
|
Régimen Sobre las Utilidades de Actividades Lucrativas |
|
(Pagos Trimestrales y Liquidación definitiva anual) |
|
|
|
Renta Bruta |
(-) |
Rentas exentas y No Afectas |
(-) |
Rentas de Capital y/o Rentas del Trabajo |
(-) |
Costos y Gastos Deducibles |
(-) |
Otras Deducciones |
(+) |
Costos y gastos de Rentas Exentas |
(+) |
Costos y Gastos No Deducibles |
(=) |
Renta Imponible |
(X) |
Tasa del 25% |
(=) |
Impuesto deterrminado (*) Cierres Contables parciales |
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(*) |
Numeral 1, Artículo 38 Decreto 10-2012 |
|
|
|
Sobre la Base de una Renta Imponible Estimada |
|
Renta Neta |
(X) |
Renta Imponible estimada (8% sobre la renta neta) |
(X) |
Impuesto determinado (25% sobre la Renta Imponible estaomada) |
(=) |
Impuesto deterrminado sobre la base de renta imponible estimada |
|
|
Para efectos ilustrativos del ISR este es el resumen:

Para efectos de las declaraciones de IVA e ISR, tomar en consideración:
COMPRAS DE BIENES Y SERVICIOS (sin IVA) |
|
| Q660.00 |Operaciones exentas|
| Q500.00 |Servicios (operaciones gravadas)|
| Q500.00 |Bienes (operaciones gravadas)|
En la presentación de la Declaración del IVA, la forma sugerida es la siguiente:


Conforme lo datos anterioes, en la Declaración Anual del ISR, la forma sugerida es:

En el tema de gastos, es necesario identificar cada cuenta según el renglón específico, en este ejemplo se presenta de forma general:

Los datos anteriores se tomaron de una presentación de CenSAT, no encontré otra forma más sencilla de explicar el tema donde concurren operaciones exentas (no afectas) y operaciones gravadas.
Espero haber aclarado sus dudas y no haber ampliado las mismas.