SI, en las facturas especiales usted opera iva por cobrar en fac especial, solo debe agregar la cantidad emitida en el datalle que le pide el formulario del IVA
@estelayax con relación a su pregunta, acá le comparto un completo tema sobre la misma, como siempre sugiero leer todo para una mejor comprensión y sacar su mejor conclusión a aplicar: