Buen día
La recomendación es consultar con su asesor de comercio internacional, si aplica o no aplica el principio de territorialidad.
Faltan varios elementos de análisis para intentar dar una respuesta, en esencia, sobre las características del título de propiedad, en este caso es el conocimiento de embarque (no es la factura), el cual puede ser a la orden, nominativo, al portador, etc., así como el tratamiento: Endoso o Cesión del Conocimiento de embarque (se subrogan todas las obligaciones y derechos del endosante o cedente) de conformidad con las disposiciones que rigen el contrato de transporte de mercancías
Respecto a sus interrogantes:
Si se concluye que es una operación extraterritorial (endoso), no esta afecto al IVA, pero si fuere cesión de derechos es otro tema.
Respecto a:
Aquí veo una interpretación incorrecta, en el transporte internacional de mercaderías, se rige por los tratados y convenios internacionales vigentes, el título de propiedad es el conocimiento de embarque (B/L, AWB, Carta de Porte según sea el medio de transporte o multimodal ) y la documentación de soporte varia en función a las características de las mercancías: invoice, certificado de origen, certificados de análisis, etc., En contabilidad popularmente se le conoce como mercaderías en tránsito.
Financieramente se le conocen como Bill to Shit to / Buyer (Bill to) - Consignee (Ship to), mediante el endoso del BL, la naviera emite un nuevo BL para el nuevo titular
Así mismo debe tener en cuenta si la factura del exterior es una factura cambiaria, invoice, Tax Invoice, Commencial Invoice, etc., los tratamientos varian según el país de emisión y el país de destino
La recomendación es adecuar su nomenclatura contable (list of ledger accounts) para separar, integrar e identificar cada una de las transacciones de las operaciones afectas, exentas y en este caso las NO AFECTAS para la determinación de la renta imponible y calculo del ISR, todos los costos y gastos incurridos (bill to ship to) no son deducibles y los ingresos no están afectos al ISR (siempre que la transacción se realice totalmente en el extranjero, no nacionalizados ni exportados desde el territorio nacional)