Buen Día:
He hecho una prueba en diamante de la carga masiva @wchicol y me permite hacer la carga sin ningún problema, a continuación muestro pantallazo de la factura ingresa en la empresa Demo Dos, S.A.
Las cuentas y montos son únicamente para ilustrar el ejemplo y se hizo por medio de una carga masiva según un formato compartido en un Curso/Conferencia de Diamante Contador intermedio por @AlexEstrada y también el usuario forista @i.castellanos en distintas oportunidades nos han ayudado con información al respecto de cargas masivas.
Por otra parte no veo el motivo por el cual contabilizar con cada factura el ISR pero esto ya es un criterio personal y si al final no le causa conflicto con el pago del impuesto no veo porque cambiar su metodología.
A continuación encontrara un link donde Alex nos compartio formatos para archivos de carga que fue el que utilice.
Espero poderle ayudar con su consulta y pueda resolver su inconveniente.
Saludos.