Autorización de libros en RM (Registro Mercantil)

Buena noche estimados amigos, tengo una duda, habría algún inconveniente si una empresa inició operaciones hace dos meses en el régimen general, pero no autorizaron libros en el registro mercantil y solo los habilitaron en SAT? si ese inconveniente podría surgir al momento de una auditoría?, ya se tomó la precaución de mandar a autorizar libros en el RM, agradezco su apoyo en mi duda.

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@Byron_Sica mientras no exista una revisión fiscal, no hay problema. Y tener el cuidado siempre que solicite habilitación debe haber también una autorización.

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Muchas Gracias por su respuesta, me servirá de mucho.