Buen día
En caso de contratos privados (arrendamiento) no tiene impedimento legal que el Representante Legal sea también el Propietario del inmueble. Deben tomar en cuenta el requisito de la literal d, del artículo 22 de la Ley de Actualización Tributaria
Además si el giro de la actividad económica de la persona individual no es el arrendamiento de bienes muebles o inmuebles (según el RTU), la retención es del 10% de ISR, o en su defecto deberá actualizar sus datos ante SAT para que la factura que emita le aplique la retención (5-7%) actividades lucrativas en el Régimen Sobre Ingresos.
Sin embargo, para efectos financieros y fiscales, se crea lo que técnicamente se le conoce como Parte Relacionada, (ver NIA 550) la existencia de empresas o partes relacionadas y las transacciones entre dichas partes son consideradas características ordinarias de un negocio.
los impuestos por pagar y los gastos de la entidad pueden ser afectados por las leyes de impuestos en varias jurisdicciones que requieren consideración especial cuando existen partes relacionadas
La contabilidad debe identificar oportunamente las transacciones que no se liquidan por medio del sistema bancario (bancarización), en este caso la Ley obliga a elaborar escrituras públicas o contrato privado protocolizado.
En nuestra experiencia hemos observado que este tipo de operaciones entre partes relacionadas nacionales o locales (es lo que en buen chapín se dice que emite factura a si mismo, en teoría se cobra y se paga a si mismo), pero es una práctica común que utilizan mecanismos de neteo de cuentas entre partes, compensación o simplemente cuentas por pagar que nunca se liquidarán, lo que genera una contingencia fiscal, eventualmente vulnera la deducibilidad de costos y gastos (crédito fiscal).
Deben evaluar, en caso que la facturación que emita el propietario a favor de la Sociedad Mercantil por concepto de arrendamiento (El Representante Legal es a la vez propietario del Inmueble) realmente no se liquidará (bancarización y la trazabilidad de la operación). Una recomendación más práctica en este caso particular, es la celebración de un contrato de usufructo que puede ser oneroso o no (en esencia es parecido al arrendamiento, sólo que el propietario no estaría obligado a emitir factura y la empresa no tiene que pagar, excepto los gastos de operación y mantenimiento del inmueble que corren por cuenta de la Sociedad Mercantil - o indicar cuales gastos no -, cuando corresponda incluir el pago de servicios básicos, identificar líneas telefónicas, acometidas de energía eléctrica, etc., y el plazo del usufructo), pero al final el contribuyente será responsable de las posiciones fiscales que decida asumir.