Descuento de ISR en facturas

Estimados buenas noches, alguien me puede orienta sobre el siguiente caso, he usado el sistema por unos 3 años, y ha sido una gran ayuda para mi trabajo. Recientemente me he percatado que algunas de mis facturas ingresadas por compras o servicios de proveedores que estan en “ISR mensual” el sistema me está rebajando el ISR de la factura y registra al proveedor el valor sin ISR. Y en la jornalización igual no cuadra, lo curioso es que no cuadra el valor total del documento con el valor total jornalizado y aún asi me los dejó grabar. Me podrian orientar por favor que estará mal configurado lo curioso es que el error empezó hace unos 3 meses atrás no se que será.
desde ya muy agradecido.

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@JTuquer estoy operando facturas de proveedores y todo perfecto. Sugiero verificar la configuración del documento ya que hasta donde tengo entendido no han existido cambios en cálculos.

Buen día

Quizá nos pueda indicar la versión de Diamante Contador que esta utilizando, si le es posible subir una imagen de la configuración del tipo de documento (ambas pestañas: 1. Básico 2.Configuración de la edición).
Sin exponer datos sensibles (nombres, NIT) una imagen de la configuración de la empresa

Buenas tardes si adjunto ambas imagenes, lo raro o curioso es que tengo facturas ingresadas de Junio 2020 del mismo proveedor y está bien la jornalización y el monto del documento.

Muchas gracias