Renato buenos días te comentare como trabajo en mi caso:
En la parte de tipo de documentos creamos un documento que se llame retención de IVA en este le indicamos que estos documentos no tengan relación con el IVA definimos la cuenta a la que tenemos creada en nuestro sistema como retenciones de IVA y le indicamos que la misma sirva para rebajar el saldo de clientes que en su momento cree cuando ingrese mi factura de ventas.
Si existe alguna otra forma espero que algún otro compañero nos la pueda indicar, de lo contrario pues espero haberte ayudado en algo.
Saludos