Buen día
Si por error involuntario se presentó una declaración que no corresponde al Régimen de Afiliación, para evitar inconvenientes o conflictos futuros, es recomendable solicitar a la Administración Tributaria que se elimine dicha declaración, documentando todos los aspectos correspondientes.
Es muy importante tomar nota de la recomendación de la Licenciada @LuciAguilar :
Para casos similares, se sugiere leer los siguientes enlaces:
Otras consideraciones por discrepancias entre el IVA e ISR, en el siguiente enlace han publicado un video de un Consultor de impuestos que explica lo relacionado al respecto: