Buen día
Por norma general, el pequeño contribuyente (con excepción de las rentas del trabajo / empleado en relación de dependencia), sólo está obligado a tributar sobre el 5% de sus ingresos brutos (sobre el monto total de sus facturas), es un MONOTRIBUTO (ni es IVA ni es ISR, sin embargo los legisladores lo incluyeron en la Ley del IVA).
La definición de Pequeño Contribuyente es muy amplia: Incluso los comerciantes, sociedades mercantiles y los profesionales liberales (los profesionales liberales no son comerciantes) pueden inscribirse como pequeños contribuyentes, únicamente litima a este régimen que sus ingresos anuales no superen los Q150,000.00
Partiendo del principio básico de contabilidad: Sustancia antes que forma. Si esta inscrito como Pequeño Contribuyente pero se trata de un comerciante (conforme el artículo 2 del Código de Comercio) o se trata de una sociedad mercantil, están obligados a llevar contabilidad completa (Artículo 368 del Código de Comercio).
Ademas se debe considerar:
Si el giro del pequeño contribuyente (comerciante o sociedad mercantil) no es la venta de mobiliario y equipo, debe determinar la depreciación acumulada, es decir el valor en libros versus el precio de venta, y así determinará si incurrió en una ganancia o pérdida de capital (Rentas de Capital)
Tal como lo menciona @Albertonij, las rentas de capital y las ganacias de capital, sin perjuicio de las disposiciones generales, las regulaciones correspondientes a cada categoría de renta establecen el impuesto y se liquida en forma separada.
Ley de Actualización Tributaria, Artículo 84 numeral 3 inciso a, señala:
En el siguiente enlace pueden descargar un documento de SAT, que contiene las disposiciones legales tributarias relacionadas con las Ganancias de Capital:
http://portal.sat.gob.gt/sitio/index.php/leyes/doc_view/4492-gananciasdecapitalenlaventadebienesinmuebles.raw?tmpl=component
Saludos.