Buen día
Salvo la opinión de los Ingenieros de ISA.
En la configuración de las empresas:
Si ha seleccionado en la casilla: 
la opción de Pequeño Contribuyente:
Al operar las facturas de compras y ventas, el sistema ya no solicita identificar si la operación es de bienes o servicios
Para los contribuyentes inscritos como Pequeños Contribuyentes (En otros países se le conoce como Monotributo, en Guatemala es una cuota fija mensual del 5% de los ingresos brutos que sustituye el pago de ISR e IVA) En el caso de las compras de bienes y servicios, aunque la factura si incluye IVA, se trata de una operación NO AFECTA AL IVA, es esencia una operación realizada en su calidad de consumidor final y no como contribuyente del IVA.
Adicionalmente en el caso del Pequeño Contribuyente para efectos del reporte en el Libro de Compras y Ventas, las operaciones carecen de separación o identificación de bienes o servicios, incluso en el Formulario SAT-2046 (IVA pequeño contribuyente) consolida en una sóla casilla los ingresos por bienes o servicios