La información no se borró para nada. Solo la forma en la que se elaboran los reportes.
Sus reportes al 31 de diciembre deberían salir iguales a los de antes con los reportes de la V1 (Que están en la sección de descontinuados)
Yo recomiendo crear nuevos tipos de documentos para llevar una buena cuenta por cobrar. Y los nuevos tipos definirlos como Base de CxC o Aplicación de CxC dependiendo de su uso.