Si ellos no le han pagado le deberían pagar el 100% ya que por ley tenían hasta el 5 de mes para entregar la constancia. Si ya le pagaron no les debería reintegrar lo que ellos deberían haber retenido. En cualquiera de los casos entrégueles una certificación contable del pago realizado directamente para que no les apliquen la multa del artículo 94 que mencionó @Elfego anteriormente.
Sin embargo, sugiero analizar el costo - beneficio de un posible conflicto con el cliente ya que si ellos incluyeron esta retención en su declaración de mes les representará una pérdida que podría ocasionar la ruptura de la relación comercial.