Buen día
Dependerá del tipo de contribuyente, por ejemplo: si esta obligado a llevar contabilidad completa (Comerciante), podrá observar varias publicaciones en el Foro en el que se ha desarrollado el tema.
Si opta por fijar un sueldo, deberá practicar y pagar las retenciones de ISR (rentas del trabajo), y cuando sea aplicable, comprobar por medio de las planillas del IGSS, Libro de Salarios, etc., a efecto de cumplir los requisitos para la deducibilidad de los gastos (Contribuyentes afiliados en el ISR en el Régimen de Utilidades).
La otra opción es que los retiros de la cuenta bancaria, se reporten bajo la figura de rentas de capital mobiliario (distribución de utilidades), retener y pagar el 5%.
No esta demás, aprovechar lo que ha compartido el Lic. @Hugo_R_Gonzalez_B
http://preguntas.diamantecontador.com/t/charla-decreto-37-2016/1164
Saludos.